从1940年下半年起，日伪军在该地区大量增加兵力，对泰西抗日军民的“扫荡”进攻日益疯狂。加之第六支队升级为主力，离开本区活动，各县武装又随之升级，敌我力量悬殊，使泰西根据地较早地进入困难时期。其过程大体分为两个阶段：

第一阶段：1941年上半年的初步恶化阶段。这段时间，敌人推行了第一次“治安强化运动”，在频繁“扫荡”抗日根据地的同时，多次袭击我党政机关，数位地县领导干部壮烈牺牲，抗战力量受到重大损失。

1941年1月2日，泰西地区抗日总动员委员会副主任刘仲羽在东平县城北门外被敌杀害。刘仲羽原任东平县委书记，1940年4月调任地区总动委会副主任。

1940年9月，他参加了东平县政府召开的纪念九一八事变大会后，在其家中(现东平县大羊乡清水坦村)遭敌包围被捕。刘仲羽受尽酷刑，坚贞不屈，在监狱墙壁上写下了“铁锁难锁革命志，愿将热血献人民，皮鞭棍棒何所惧，誓把地狱翻转身”的豪迈誓言。敌人无计可施，对他下了毒手。

刘仲羽牺牲的当月，泰西地委在平阿山区的罗圈崖村召开了党的活动分子代表大会，会议分析了当时泰西地区的抗战形势，号召全区党员、干部、群众为捍卫泰西抗日根据地而斗争。会议期间，地委为刘仲羽开了追悼会。地委书记袁振致悼词，号召泰西全体党员，要以刘仲羽为榜样，迎接严峻的斗争考验，以战斗的胜利悼念刘仲羽。

地委罗圈崖会议后，各县认真进行了贯彻。东平县委在西柿子园村召开县区、乡、村代表会议，传达贯彻地委会议精神，同时为刘仲羽及一起牺牲的三区区长李耀珍等召开了追悼会。

肥城县委在黄土岭村召开党政军干部会议，研究了加强党组织和干部队伍建设问题，号召学习刘仲羽的英雄事迹。泰安(西)县委在道朗北山白马寺召开了部分县、区干部、武装人员誓师大会，决心以刘仲羽为榜样，坚决同敌人斗争到底。

3月，泰西地委、专署机关驻莲花峪(今属肥城市孙伯乡)村，准备召开各县负责人会议。12日拂晓，遭到泰安(西)县安驾庄、东平县夏谢及肥城、宁阳、汶上等县4路日伪军的包围袭击。

泰西党政领导积极组织突围，经过激烈战斗，大部分人员突出敌人包围，但地委宣传部长黄白莹、专署总务科长房伟等13人壮烈牺牲，使泰西抗战力量受到一次重大损失。

黄白莹，1917年生，广东省人，1937年入党，1939年春由延安到山东，在任中共泰西地委宣传部长期间，写了不少鼓舞人们坚持抗战的诗篇与歌曲，为泰西地区党的宣传工作做出了贡献，在干部群众中留下了难忘的印象。

4月，宁阳县工委书记许国牺牲。宁阳县自抗战以来，党的发展和抗战力量较薄弱，而日伪势力却非常猖獗宁阳县工委和县政府撤至汶河以北，依托泰安(西)肥城山区根据地，领导宁阳县的抗日斗争。4月14日，许国等深入宁阳八区开展活动，返回汶河北岸后，夜宿田家东史(今属肥城市汶阳镇)，次日拂晓，被敌偷袭。许国在逃脱敌人追赶时腿部中弹，而自己枪中子弹已打光。当敌人冲过来抓他时，许国用牙猛咬敌人胳膊，敌气急败坏，向他连开数枪。伪军中队长为向其日本主子献功，凶残地铡下了许国的头颅，带回宁阳，悬挂在城门之上示众。白色恐怖笼罩着宁阳县城。

许国牺牲后不久，泰安(西)县独立营营长李正华在去泰西军分区开会返回营部途中，夜宿宋家庄一群众家里。拂晓时，敌人包围了村庄，房东劝他隐蔽起来。他怕连累群众，谢绝了老乡的劝告，说:“不能因为我让老百姓遭殃。”说着持枪带通讯员向村外冲出。突围时，两人被敌人机枪打中，壮烈牺牲。

这一阶段，日伪军对泰西抗日军民的进攻虽十分猖狂，抗日力量受到较大损失，但我仍掌握着广大农村地区，泰西军民尚能依托农村坚持抗日斗争。5月下旬，中共山东分局、中共北方中央局先后发出对鲁西工作的指示，指出鲁西发展的方针是加强运西中心区，巩固泰西与鲁西北,开展运东工作，打通与鲁西南的联系。

鲁西区党委据此制订了具体方针和措施。同时指出:由于泰西战略地位重要，“在鲁西范围内，泰西首先进入艰苦的阶段。”泰西地委认真贯彻上级指示，结合泰西实际，提出了一系列要求，主要内容有:加强党的领导，扩大与巩固地方武装，进一步开展民主民生斗争，依靠群众，对付敌人。

第二阶段：1941年下半年的严重恶化阶段。敌人于6月至8月间先后纠集大量日伪军，依次对泰西地区的平阿山区、泰肥山区、大峰山区进行了疯狂的大规模“扫荡”，尤其在7月的“泰肥山区事变”后，我党政军机关和部队难以在泰西立足，便撤至黄河以西活动，泰西抗战形势骤然恶化。

在5月份，伪山东省长唐仰杜到东阿时，看到抗日根据地军民斗争热情高涨，十分震惊。惊呼:平阿山区已经红了，回去后即策划大规模“扫荡”。泰西地委及时得到情报，部署进行反“扫荡”的准备工作。

6月18日，日军三十二师团奥中大队及宾野部和泰安、济南、长清、平阴、东阿、东平、肥城、汶上等县的日伪军5000余人，采取“拉网合击”“步步为营”等所谓“堡垒战术”，北由平阴，南起东平的茶棚、二十里铺，西从东平湖东岸，先行“扫荡”、进攻平阿山区，企图消灭我党政军机关。

东平、平阴两县党政机关和县独立营先后遭敌合击，经激烈战斗后，转移到东平湖西昆山根据地。平阿山区的党政军民转入地下秘密斗争。

7月，日伪军又开始了为期两个月的第二次“治安强化运动”。这次的主要内容是整顿内部，发展伪军，增设据点，封锁交通。24日，日军纠集泰安、宁阳、肥城等十几个县的日伪军万余人，开始对泰肥山区根据地进行空前规模的大“扫荡”。

地委、专署、军分区及部分县机关、部队被敌包围在肥城县虎门一带。军分区司令员刘贤权指挥军分区部队与敌激战一天，趁夜幕突出重围，转移到大峰山区。

地委分析了当前的斗争形势，为了保存革命力量，坚持长期对敌斗争，决定地委、专署、军分区机关及大部分县区干部、武装，转移到黄河以西的野鹊窝一带，留下少数干部及武装，依靠群众就地坚持斗争，并仔细研究了以后斗争的方针和策略。泰西抗战形势的这一重大变化，被称为“泰肥山区事变。”

这时，由于鲁西和冀鲁豫两区斗争形势紧张，为统一对敌斗争力量，利于长期坚持抗日斗争，中共中央北方局和八路军总部决定将鲁西和冀鲁豫两区党委、行政主任公署、军区合并为新的冀鲁豫区党委、行政主任公署、军区，泰西为冀鲁豫一地委、专署，军分区与地委序列相同。

泰肥山区事变后，敌又于8月集中力量“扫荡”了大峰山区抗日根据地。继之，于9月“扫荡”了东(平)汶(上)抗日根据地。两地县区机关和武装转移到边沿地区活动。至此，整个泰西地区均遭到敌人的进攻“扫荡”。除大峰山区尚保存一块根据地外，其余大部地区均沦为敌占区或游击区。

敌人“扫荡”了大峰山区后，地委针对该区变化了的斗争形势，报经冀鲁豫边区行政主任公署批准，将长清县以黄河为界，划分为两个县，河东为峰山县，河西为长清县。

在敌对泰西地区数月残酷的“扫荡”过程中，泰西军民在地委领导下，进行了英勇顽强的反“扫荡”斗争。军分区部队及民兵先后与日伪军作战30余次，毙伤日伪军800余人，给敌以有力的打击，日军奥中大队长被我击伤。敌独立第三混成旅旅团长、少将土屋兵驻在指挥日军“扫荡”大峰山区时，被长清县第十区游击队击毙。这是泰西抗战史上被我击毙的日军最高指挥官。为此，八路军朱德总司令、彭德怀副总司令曾特电嘉奖。

但在斗争中抗日军民也付出了重大牺牲。泰西军分区驻在马家堂(今属肥城市边院镇)的后方医院，因汉奸告密，于6月遭日伪奔袭，96名伤病员和工作人员，除5人侥幸脱险外，其余被俘或被杀，有20多名病重伤员不能行走，被日伪军活活炸死、砸死，造成骇人听闻的“马家堂惨案”。

12月，军分区政治部主任辛俊卿在去黄河西小周村被服厂检查工作途中，遭敌特枪击牺牲，专署、军分区为他召开了追悼会。辛俊卿，肥城县人，1911年生，少年时代就忧国忧民，胸怀大志。1929年考入济南一中读书，积极参加学生运动，在校期间加入中国共产党。九一八事变后，曾赴南京请愿，要求蒋介石抗日，失败后被迫离校，赴北平从事革命活动并考入北平大学。1938年春回到家乡，开展抗日宣传活动，举办训练班，培养了大批抗日骨干。是年1月第六支队建立后，担任锄奸科长。1940年任泰西军分区政治部主任，为泰西武装发展及反特除奸做出了贡献。

日伪军占领我根据地后，大量扩充伪军，增设据点，泰西地区日军据点达30多个，伪军据点80余个，平均几个村庄就有一个碉堡或据点，敌伪军频繁出动兵力，对游击区进行反复“清剿”，对其占领区进行反复“清乡”，捕杀共产党员和抗日群众，围剿抗日武装，建立伪政权，推行保甲制，发放“良民证”，实行法西斯统治。敌人还大力推行“实验区”“实验县”计划，向群众进行欺骗宣传和奴化教育，从政治上愚弄人民。

泰西党组织也受到很大损失，很多基层党组织和抗日政权被破坏，不少党员被捕和被杀，也有部分意志不坚定的分子叛变投敌或消沉妥协。泰安(西)县委副书记毕克波于1941年12月投敌，县委派人设计将其处决。泰西地区党的活动和斗争转入隐蔽和秘密状态。