三个月宝宝肚子总是咕咕叫一般是由消化不良、胀气等原因引起的，可采用调整饮食、按摩等方式进行治疗，详情如下：

1. 调整饮食：宝宝肚子咕咕叫可能是由于消化不良引起的，可以适当调整宝宝的饮食习惯。例如，母乳喂养的宝宝可以尝试改变母亲的饮食，避免摄入刺激性食物，如辛辣食物、咖啡、酒精等。对于配方奶喂养的宝宝，可以尝试更换适合宝宝的奶粉，或者调整奶粉的配方比例。在调整饮食时，建议咨询儿科医生的建议，以确保宝宝获得充足的营养。

2. 按摩：胀气是导致宝宝肚子咕咕叫的常见原因之一。进行适当的按摩可以帮助宝宝排气，缓解胀气带来的不适。可以采用顺时针的手法轻轻按摩宝宝的腹部，或者在宝宝腹部轻轻按压，但要注意力度适中，避免造成宝宝不适。同时，可以尝试将宝宝的双腿轻轻向腹部压，再放松，重复几次，也有助于缓解宝宝的胀气。

3. 增加运动：适当增加宝宝的运动量也有助于缓解肚子咕咕叫的情况。可以在宝宝的床上或活动空间中放置适合宝宝使用的玩具，鼓励宝宝进行腿部活动，如踢腿、蹬腿等。这样可以促进宝宝的肠胃蠕动，帮助排气，缓解肚子咕咕叫的情况。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如使用中药膏、服用胃肠道调节药等，适用于宝宝肚子咕咕叫较为严重或持续时间较长的情况。但是，在使用这些治疗方式前，建议先咨询儿科医生的建议，以确保安全和有效性。