宝宝打完疫苗发烧39度一般是由疫苗接种后的反应等原因引起的，可采用退热药物、物理降温和观察等方式进行治疗，详情如下：

1. 退热药物：在宝宝发烧39度时，可以考虑给宝宝使用退热药物。常见的退热药物包括布洛芬、对乙酰氨基酚等。需要根据医生建议和药物说明书的用药剂量给宝宝使用，注意不要超过推荐剂量。退热药物适用于宝宝体温较高、不适、烦躁等症状较明显的情况。

2. 物理降温：如果宝宝的体温较高且持续升高，可以考虑进行物理降温。常见的物理降温方法包括用温水擦拭宝宝的额头、腋下等部位，或者用温湿毛巾敷在宝宝的额头上。物理降温适用于宝宝发烧程度较轻，没有其他明显不适症状的情况。

3. 观察：在宝宝发烧39度时，也可以选择观察，给宝宝一些时间自行调节体温。如果宝宝发烧持续时间不长，且没有其他明显不适症状，可以观察宝宝的情况，保持室内空气流通、保持宝宝的饮食和睡眠正常，同时密切关注宝宝的体温变化和其他症状的出现。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如中药贴敷、中药调理等。中药贴敷适用于宝宝发烧程度较轻，体温不是特别高的情况，中药贴敷可以通过贴敷中药贴在宝宝的穴位上起到退热的作用。中药调理适用于宝宝发烧原因是体质虚弱、阳气不足等情况，可以通过中药调理来增强宝宝的体质，提高抵抗力。需要在医生的指导下使用中药治疗。