跑完马拉松膝盖外侧疼一般是由过度使用、肌肉疲劳等原因引起的，可采用休息、物理治疗等方式进行治疗，详情如下：

1. 休息：在跑完马拉松后，给予足够的休息时间是治疗膝盖外侧疼痛的重要方法。当膝盖外侧疼痛出现时，停止进行高强度运动，避免进一步的损伤。休息期间，可以适当进行低强度的活动，如散步或游泳，以促进血液循环和恢复。

2. 物理治疗：物理治疗包括冷敷、热敷、按摩和理疗等方法。冷敷可以用冰袋或冰块敷在疼痛部位，有助于减轻炎症和肿胀。热敷则可以放松肌肉和舒缓疼痛，可以用热水袋或热敷贴进行。按摩可以缓解肌肉紧张和酸痛，可以自己进行简单的按摩或找专业按摩师进行。理疗则包括电疗、超声波等物理治疗手段，可促进组织修复和康复。

3. 应急药物治疗：在膝盖外侧疼痛较为严重时，可以使用非处方的止痛药物，如布洛芬、对乙酰氨基酚等，以缓解疼痛和炎症。但要注意药物的使用和剂量，最好在医生指导下使用。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如：

- 理疗和康复训练：可以通过物理治疗师的指导进行针对性的康复训练，包括肌肉强化、伸展运动和平衡训练等，以加强相关肌肉和提高关节稳定性。

- 手术治疗：对于严重的膝盖外侧疼痛，如半月板损伤或韧带损伤等，可能需要进行手术治疗，修复或重建受损结构。

- 中医治疗：中医药理疗、中药调理等中医治疗方法也可以考虑，但需在专业医生的指导下使用。

这些治疗方式适用于不同程度和原因引起的膝盖外侧疼痛，具体的治疗方案需要根据个体情况和医生的建议来确定。