新生儿消化不良肚子咕咕叫一般是由消化系统未发育完善、吃奶过度或乳食不合适等原因引起的，可采用改善喂养方式、调整乳食成分和进行腹部按摩等方式进行治疗，详情如下：

1. 改善喂养方式：当新生儿消化不良肚子咕咕叫时，可以尝试改变喂养姿势，如让宝宝保持直立位或半坐位喂奶，以减少吞咽空气的机会，减轻胃部不适。另外，适当延长喂奶时间间隔，避免频繁喂养，帮助消化系统更好地处理食物。

2. 调整乳食成分：如果新生儿消化不良肚子咕咕叫是由乳食成分不合适引起的，可以尝试更换适合宝宝消化的配方奶粉，或者对母乳进行调整，减少乳糖或脂肪含量。在调整乳食成分时，最好咨询医生或儿科专家的建议，以确保宝宝获得充足的营养。

3. 腹部按摩：腹部按摩可以帮助促进肠胃蠕动，缓解消化不良引起的不适。可以用温热的橄榄油或婴儿专用按摩油轻柔地按摩宝宝的腹部，顺时针方向进行按摩，每次持续5-10分钟。腹部按摩应该避免在宝宝进食后立即进行，最好在宝宝处于放松状态时进行。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如使用益生菌补充剂。益生菌可以维护肠道菌群平衡，促进消化系统健康。适用于消化不良与肠道菌群失衡相关的情况。在尝试其他治疗方式时，应注意儿科专家的建议，并根据宝宝的具体情况进行选择和使用。