大排畸和无创产前基因检测的主要区别在于前者是通过B超等手段对胎儿进行全面检查，而后者是通过血液样本检测胎儿的基因异常。

1. 大排畸是一项产前检查技术，通过使用超声波等方法对胎儿的器官和结构进行检查，以发现可能存在的异常情况。而无创产前基因检测是通过采集孕妇的血液样本，分析其中的胎儿DNA，以检测是否存在染色体异常和遗传疾病。

2. 大排畸可以帮助医生及时发现胎儿的器官畸形、脑积水、心脏问题等结构性异常，但无法检测到染色体异常和遗传疾病。而无创产前基因检测可以提供更全面的基因信息，包括检测染色体异常（如唐氏综合征）和一些常见的遗传病（如地中海贫血）。

3. 大排畸通常在怀孕20周左右进行，而无创产前基因检测一般可在怀孕9周后进行。大排畸需要进行B超检查，可能对胎儿和孕妇有一定的刺激，而无创产前基因检测只需要采集孕妇的血液样本，更为安全和无创。

需要注意的是，大排畸和无创产前基因检测并不互斥，而是可以相互补充的产前筛查手段。对于怀孕的女性来说，如果有条件和需要，可以同时进行大排畸和无创产前基因检测，以全面了解胎儿的健康状况。同时，对于高龄孕妇、有家族遗传病史或其他风险因素的孕妇，无创产前基因检测可能更具有前瞻性和准确性。最终的决策应根据个人情况和医生建议来确定。