亚甲炎和桥本甲状腺炎的主要区别在于病因不同，亚甲炎是由病毒感染引起的，而桥本甲状腺炎是由免疫系统异常引起的。

1. 病因：亚甲炎是一种病毒感染引起的甲状腺疾病，常见的病毒有柯萨奇病毒和埃可病毒；而桥本甲状腺炎是一种免疫系统异常导致的慢性甲状腺炎，主要由自身免疫攻击甲状腺组织引起。

2. 发病机制：亚甲炎的发病机制是病毒感染导致甲状腺炎症，破坏甲状腺组织；而桥本甲状腺炎是由免疫系统异常引起的，免疫细胞攻击甲状腺，导致甲状腺炎症和甲状腺功能减退。

3. 症状表现：亚甲炎常伴有甲状腺疼痛、发热、甲状腺肿大等症状，甲状腺功能可正常或亢进；而桥本甲状腺炎常表现为甲状腺肿大、甲状腺功能减退，伴有乏力、体重增加、便秘等症状。

4. 治疗方法：对于亚甲炎，一般采取对症治疗，如使用退热药物、抗炎药物等缓解症状；而桥本甲状腺炎则需要长期使用甲状腺激素替代治疗来维持甲状腺功能。

5. 预后：亚甲炎通常为急性发作，治疗后多数患者恢复正常甲状腺功能；而桥本甲状腺炎为慢性疾病，治疗后甲状腺功能可能无法完全恢复，需要长期随访和治疗。

需要注意的是，亚甲炎和桥本甲状腺炎虽然有明显的区别，但两者在临床上有时也会有重叠表现，例如某些亚甲炎病例可能伴随着甲状腺功能减退的症状，因此仍需通过详细的病史、体格检查和相关实验室检查进行准确诊断。及时就医并遵循医生的建议进行治疗是非常重要的。